南京马群综合换乘中心是南京首个引入综合开发模式规划建设的区域停车换乘中心。汇集了2号线、S6线和12号线三条地铁线及麒麟有轨电车线，项目总占地面积约14.7万平方米，以马群南路为界线，分为东、西两个地块，其中东地块规划建设公交停保场，西地块规划建设换乘中心及商业开发。

西地块整体占地面积是9.6万平方米，主要功能有城际公交、城市公交、地铁车站，还有地下车库和一些配置商业设施等。东地块的停保场占地面积5.1万平方米，建成后将承担城东片区公交客运调度和车辆保养管理以及停车收银加油加气等综合性功能。目前东侧的公交停保场已进入基坑之后的施工阶段，施工进度大约已完成了75%，但西侧换乘中心目前规划有待完善，之后还需要报市规划局审批。

根据目前的规划方案，换乘中心项目的地下一、二层都是停车场，可提供800个停车泊位给小汽车、出租车，还有2000平方米非机动车停车场地；地上一层是公交车换乘层，二层是地铁转换层，连接地铁2号线、S6号线和12号线三条地铁线，以及今年年底前将通车的麒麟有轨电车一号线。预计每天能满足24万人次的换乘需求。

在新建公交停保场中，将引入新能源车的充电桩等配套设施，换乘中心也将引进例如当下“停车机器人”“智能车库”等新技术。换乘中心在开发商规划时，交通部门也要求其将停车泊位安排在枢纽体内方便换乘的位置。换乘中心投入使用后也会参考其他国内外城市的经验，推出类似停车费优惠等换乘优惠措施。