目前，对于明故宫皇城遗址与大型商业开发建设的矛盾，南京市文物局看似给出了一个交代。但是，这一起事件的背后，折射出的文物保护的窘境不得不忽视。 根据2010年《南京市历史文化名城保护条例》规定，明宫城遗址及周边一百米范围内，不得从事新的建设。中航科技城的项目建设，已与该条例规定产生冲突。早在2011年，国家文物局即要求江苏文物部门“对明故宫皇城遗址进行全面、系统的考古勘探、调查和测绘，明确遗址范围和重要遗迹的分布情况”，但现实证明，这一要求未获足够响应。

今天（9月11日）记者从江苏省文物局了解到，直至现在，开发进行的过程中，整个明故宫宫城和皇城的保护规划，江苏省政府还没有批复。江苏省文物局工作人员表示， 现在这个宫城怎么保护，皇城怎么保护，要有规划，但是这个整体的规划还没有出来。今天才报一个整体规划，还没有批下来，还需要不停的论证。

但目前明故宫遗址保护项目遇到的尴尬是：一般是开发企业主动上报，然后文物部门再去发掘，如果不报，那就无法勘探保护。考古是建设单位提出申请，国土部门批准。如果开发商不申请的话，甚至自己把它弄掉，现在也没有办法，“就是这样被动的保护”。

按照考古发掘的相关规定，只要是开发面积在5000平米以上，或者是重要的文物埋藏区，就必须进行考古发掘。江苏省文物局工作人员表示，他们最希望看到的是一个地方考古结束后，把保护规划做出来再开发。但是往往实际情况是建设方等不急。城市要建设，文物也要保护，但现在这种被动保护的局面确实有些尴尬。