对明城墙环境提升的过程中，最重要的问题就是对于明城墙的保护，在前期，对于城墙沿线的绿化调查中，为了展现成墙的主体，除了高大的乔木树枝需要修剪外，一些紧贴城墙的大树根也需要清理。但在整条明城墙沿线，有近千棵大树树根根系已经深入到城墙内部，对于这样的情况，园林部门 将对其进行特殊处理：只进行砍伐，保留地下的树根：

南京市园林局规划建设处介绍说我们要联合城墙部门来鉴定，那种情况下的树根要把它刨掉。有的一旦把它挖了那会造成空洞，容易对城墙造成伤害很可能会塌下来，所以有的树根就不挖了，让他自然腐烂，自然有土往里填充，

南京城墙保护管理中心介绍说，我们这次清理就发现最长的根系有几十米长，还有植物的分泌物都有酸性对城砖都有很大的侵害，所有在城墙上的树木都应该清理包括爬墙虎。

此前许多市民觉得明城墙上爬山虎，是一道独特的风景，但其实，对于城墙的健康来说，爬山虎带来的次生危害，不容小视。爬山虎会加速城墙砖的风化。

目前，南京园林部门已经与负责明城墙分段管理保护的多家单位联手，逐步对22公里的明城墙外侧的绿化植被实施清理。其中需要砍伐得树木是948棵，移植963棵，修剪606棵 。总共清理杂树37200平方，裸露地区的植被恢复，面积在58500平方。整治工程，计划在6月15号前全部完工。