南京市所有的古树名木都有注册档案，而钟山风景区一共挂牌注册了642株，占了南京市总数的一半以上，一树一景，成为景区不可或缺的组成部分。

　　在灵谷寺旁，有一株树干粗壮的老银杏树，这棵银杏树的冠幅和树高都达到了20米，它是整个钟山风景区唯一的一株一级古树，虽然它已经有三百多岁高龄了，目前仍然处于一个非常旺盛的生长状态。相传，在清朝的时候一位僧人从外地把它带过来，栽植到寺庙门前，从那时候起，这棵银杏就见证着灵谷寺的兴衰。 

　　在明孝陵景区内，有一株南京市体量最大、树龄最长的鹅掌楸，别看它现在长得高大挺拔，其实曾经遭遇过重大打击、命悬一线，因此，这棵树龄86岁的鹅掌楸又被景区工作人员称为“树坚强”。当时的园林工人对它采取了保护措施，在劈开的裂缝中用水泥做了处理，恢复了树干的完整性，经过后来几十年的生长，它现在的裂痕已经慢慢愈合。 

　　金秋时节，最美的还是桂花树，在灵谷寺景区的这株“桂花王”也有一百多年的树龄了。为了给市民朋友接触和了解古树名木的机会，钟山风景区面还面向游客开展摄影和自然课堂等互动活动，有兴趣的朋友可以报名参加。